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生信草堂

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批量转换基因名称的两种方法

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img 平常的生信数据分析中,我们会遇到不同的来源的基因名称需要相互匹配的问题,比如我们需要将人的“ENST”开头的ensembl转录本编号替换成对应的refseq里的“NM”开头的转录本编号,本文主要针对这种ID转换介绍两种转换方法。 第...

sklearn入门教程:监督学习流程与线性分类器

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监督学习是机器学习中的一个方法,其原理是根据已有经验知识对未知样本的目标/标记进行预测。根据目标预测变量的类型不同,我们可以把监督学习任务大体分为分类学习(预测一个分类标签)与回归预测(函数输出是一个连续的值)两类。 监督学习任务的基本架构...

16S测序分析系列(二)菌群多样性分析

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多样性分析是16S测序分析中常见的分析方法。本文旨在向初学者介绍多样性分析中alpha多样性和beta多样性的由来、概念、计算,以及展示“如何用R语言实现alpha多样性和beta多样性的计算和可视化”的工作流程。 概念介绍 Alpha多样...

Anvi'o 宏基因组分析流程快速指南

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写在前面:Anvi’o 是一个功能强大且可扩展的组学数据分析和可视化平台,可以轻松应用于泛基因组分析以及宏基因组分析。本文整理自 Anvi’o 官网的宏基因组数据分析教程。 软件流程 大致的流程简单来说就是首先把经过...

精神分裂症中环状RNA表达谱分析(下)

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上一期的推送中我们简要介绍了一篇发表在《Neuropsychopharmacology 》上的精神分裂症环状RNA研究,文章通过对来自DLPFC脑区的转录组测序数据进行分析,揭示了精神分裂症相关环状RNA的表达图谱。接着上期的内容...

十步搞定单因素方差分析

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看过我TCGA肿瘤数据库知识图谱的小伙伴都只是如何在任意癌症查询指定感兴趣基因的表达量,并且对样本进行分组比较,网站是:https://xenabrowser.net/heatmap/ 悄咪咪的上线了TCGA知识图谱视频教程(B站和YouT...

meta分析、生信分析

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