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如何将风险评分划分为高、中、低三组?

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一般我们做TCGA数据挖掘或者SEER数据挖掘,我们常常会用到多因素cox回归,从而得到风险评分,一般都是将风险评分分为高低风险组,但是有些文献会划分为高、中、低三组,这到底是怎么样划分的呢?现在关于这个划分,我们录制好了相关的视频。

如果只会利用TCGA数据构建cox回归,你就out了

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现在看到TCGA数据挖掘的文章基本上都是构建cox回归,进行3、5年生存,或者无复发生存。那么,问题来了,我们除了预测生存,就没有东西可以预测了吗?答案肯定是有的。例如,我们可以预测淋巴结转移,肝转移,肺转移,是否发生柱状上皮化,是否出现某...

甲基化跑不动,我们帮你跑

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TCGA数据库有大量开放的甲基化数据,对我们科研非常有利,但是怎么挖掘呢?是不是去参加培训班就可以了?答案肯定不是的。有很多人去参加了培训班,然后学会了分析。但是搞了两三个月,还是没有结果。导致结果出不来的罪魁祸首就是网速和自己的电脑。首先...

TCGA lncRNA数据挖掘文献分享

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今天给大家分享一下TCGA lncRNA数据挖掘的文献。首先,我们看一下这篇文献,这篇文献来源于Artificial Cells, Nanomedicine, and Biotechnology期刊。 论文题目: A prognostic ...

再不学习这种方法发文章,也许你会后悔

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曾经有人问我,那种方法出SCI文章最快?也许大家随口而出就是meta分析,的确也是这样,我当初也人为发SCI最快的也是meta分析。但是现在不一样了,现在进入了数据大时代,特别是生物信息学方面的数据,数据库越来越多,像GEO,TCGA,On...

这些TCGA甲基化分析也可以很简单

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TCGA数据库有大量开放的甲基化数据,对我们科研非常有利,但是怎么挖掘呢?是不是去参加培训班就可以了?答案肯定不是的。有很多人去参加了培训班,然后学会了分析。但是搞了两三个月,还是没有结果。导致结果出不来的罪魁祸首就是网速和自己的电脑。首先...

批量挖掘TCGA lncRNA的机会来了

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还在担心下载TCGA数据断网?还在担心自己电脑配置不够而提取不出数据?还在担心找不到biomarker?现在这些通通不用担心,批量挖掘TCGA lncRNA的机会来了,我们不用自己下载数据,不用ID转换,不用分离lncRNA,而直接得到现成...

利用肿瘤免疫细胞浸润发SCI也不过是如此简单

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肿瘤免疫细胞浸润是近年来的一个热点,无论是基础研究还是数据挖掘都是比较热的,这里我们主要讲一下数据挖掘,因为这个成本比较低,而基础研究成本高,不是人人都能做的。 GEO数据和TCGA数据可以做,自己的测序数据也可以做,得到数据后,我们就可以...

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