生信分析、meta分析、数据挖掘
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生信修炼手册

记录自己在生信工作中的点滴积累,将自己的想法和观点和大家分享。内容来源于实践,干货满满!

circos 可视化手册- heatmap 篇

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heatmap将一系列的数值映射到一个颜色梯度中,是最常用的图表之一。在circos中,通过plot这个block进行设置。 用法如下: heatmap的数据和scatter plot, histogram是一样的,最少有4列内容。前3列定...

chromosome-territories:染色质疆域简介

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欢迎关注”生信修炼手册”! 人类基因组大小在3G左右,这么多的DNA线性排列,完全展开其长度可以达到2米,而细胞直径是微米级别的,这意味着DNA在细胞核内肯定是高度折叠的。众所周知,结构决定功能,这样的空间结构势必对于生命体复杂的功能造成了...

minfi 分析甲基化芯片数据-差异分析篇

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对于DNA 甲基化芯片而言,探针水平的差异针对的是单个CpG位点,在大多数的研究中,比如cancer_vs_normal 中,单个差异的CpG位点并不能作为疾病的特异性的marker 。为了更好的研究实验条件和差异的关系,提出了CpG Re...

mirDIP:最全面的人类miRNA靶基因数据库

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欢迎关注”生信修炼手册”! miRNA靶基因预测是研究miRNA功能机制必经的一个环节,现有的相关软件和数据库非常多,然而不同软件的算法各有优劣,在不同数据库之间的交叉检索费时费力,所以需要一个整合多个数据库和软件资源的集成型数据库,mir...

jellyfish:快速计算kmer分布

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欢迎关注”生信修炼手册”! jellyfish可以统计DNA序列中Kmer的分布,它运行速度快,内存消耗低,支持并行,是最常用的kmer统计软件之一。 官网如下: http://www.genome.umd.edu/...

scRNA_seq:单细胞转录组测序简介

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欢迎关注”生信修炼手册”! 在传统的测序技术中,上机测序的样本是由多个细胞构成的,最后分析得出的结论也只是基于所有细胞的平均水平,但是我们知道细胞是具有异质性的,对于大脑等复杂组织而言,其细胞类型是多样的;对于肿瘤细胞而言,其细胞异质性更是...

chip_seq质量评估之FRiP Score

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欢迎关注”生信修炼手册”! chip_seq是研究转录因子结合,组蛋白修饰的利器,这项技术虽然经过了很多年的发展,但是由于不同抗体的特异性,不同样本处理的复杂性,如何保证chip数据的高质量仍然是一个挑战。为了保证分析结果的可靠性,无论实验...

meta分析、生信分析

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