生信分析、meta分析、数据挖掘
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生信圈

关注生物医学大数据、以及数据分析方法在转化医学研究中的应用进展,讨论与生物信息相关的一切话题。

原创干货丨采用LefSe解析组间微生物构成差异

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↑ 点击上方“生信圈”关注我们 1 简介 LefSe(LDA EffectSize)是一种用于发现高维生物标识和揭示基因组特征的软件。包括基因,代谢和分类,用于区别两个或两个以上的生物条件(或者是类群)。该算法强调的是统计意义和生物相关性。...

PhyD3快速入门

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一. 什么是PhyD3 PhyD3是在d3.js基础上构建的一个系统进化树查看器。开源,可嵌入,可扩展。phyD3支持Newick 和 phyloXML及扩展的phyloXML 。扩展的phyloXML 可以更加便捷的实现我们想要的功能。可...

从GEO数据下载到差异基因表达,看这里!

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1 了解GEO数据库 GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS,是美国国立生物信息中心NCBI旗下的基因表达谱数据库。创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,换句话说就是,只要是当前已经发表的...

好久不见,生信圈

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“不再去说从前 只是寒暄 对你说一句 只是说一句 好久不见” 已经1年没有登录生信圈了,再一次进入有些近乡情怯,左思右想,只有一句“好久不见”。 微信公众号经历了用户盲目关注的时间,又过了用户疯狂取关的时间,现在的用户会重新关注那些有价值的...

Ingenuity® Variant Analysis TM

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产品介绍 从重测序数据中鉴定因果突变 Ingenuity® Variant AnalysisTM(IVA)结合强大的分析工具和Ingenuity Knowledge Base中精准、精选的生物内容,从人类测序数据中,快速鉴定最引人注目的疾病...

从零开始入门R语言编程

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R语言编程入门 写在前面的 上期推文介绍了如何使用R语言编程进行样本间相关性分析,主要涉及了R语言矩阵、循环、统计分析函数、ggplot2、corrplot等函数包的使用,涉及的知识面较多,如果不是经常做生物信息或者是编程出家,很难在短时间...

抗性基因数据库CARD介绍

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随着抗生素药物的发现及使用,越来越多的耐药菌株由此产生。而耐药菌株的发展则会增加疾病治疗的难度和成本,因此耐药微生物的研究则显得尤为重要。目前,通过对耐药基因的鉴定挖掘能够一定程度上帮助我们揭开耐药机制,为疾病的治疗、药物研发提供参考。AR...

你所不知道的KEGG数据库-part2

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上期分享KEGG数据库的基本信息,这期将实现KEGG数据库注释和可视化。 (图片较多,建议连接WiFi后阅读,土豪随意。) KAAS注释 KEGG官网提供一种可视化工具—KEGG Automatic Annotation Server,简称...

你所不知道的KEGG数据库

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这或者可能几乎是最新最全(适应最新广告法)的KEGG数据库使用说明了。KEGG数据库介绍将分为两期推送,本期主要介绍KEGG数据库的基本信息以及之间的联系,下期将介绍KEGG数据库的注释方法以及其他软件实现途径和神秘的API。 (文章图片略...

速来围观!——三种NCBI常见数据库

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在微生物测序分析中,常常需要对未知的核酸或蛋白序列进行物种,功能或类别注释。注释方法种类较多,其中最常用的是与一些标准数据库进行相似性搜索,也就是序列比对。因此,数据库的优劣对注释结果至关重要。本期小编为大家带来的是NCBI上的三个重要的数...

meta分析、生信分析

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