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TCGA、GEO、SEER、Oncomine

蛋白互作预测,你用哪个网站做?

有很多同学在留言询问如何预测和研究蛋白的相互作用,今天就把发篇文章给大家介绍下。


蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)是指两个或两个以上的蛋白质分子通过非共价键形成蛋白质复合体(protein complex)的过程。

在进行数据挖掘时,比如你从GEO或者TCGA挖到一组自己感兴趣的差异表达基因,那么接下来如果想研究下这组基因的具体的某一个基因却又不知道无从下手的时候,这个时候PPI网络对你来说就是一个神助攻啊

常用的PPI分析数据库,如STRING,bioGRID等已经运用很广泛了,虽然数据比较全,也比较方便,但是与我今天给大家介绍的这个比可能在数据的可视化上与预测分析上相比明显较弱啊


本人觉得今天讲解的数据库是目前蛋白网络数据库中最简洁而且功能很强大的一个数据库。好吧,废话不多说,直接给你们上图。


图1 是该数据库的Home界面,看图第一个红色箭头所指的区域,可以直接输入蛋白的名称点击search。


图2 是高级检索的界面,可以从图1第二个红色箭头所指的区域直接点击进去进入图2界面,把你需要查询的蛋白名称输入进去或者通过上传TXT文件点击,点击search就可以了。


图3 点击进去以后就可以进入图3界面,当然了,如果你查询蛋白的种类特别多估计可能需要耐心的等一段时间啦。ps,很重要的一点,最好使用谷歌浏览器或者火狐浏览器(可能需要 )来进行使用。


图4 就是我们需要的结果页面啦,第一眼看上去图的配色还是比较舒服,红色箭头1所指的区域带红色圆圈的就是你所提交的蛋白名称,没有圆圈的顾名思义就是预测出来与你提交的蛋白有相互作用的,将鼠标停留在圆圈上可以弹出该蛋白的详细信息,如蓝色方框所示。同时你也可以直接拖动选中的点对图进行美化(现在你是不是想起了CytoScape啦?)。箭头2所指的区域大家可以看到图上每个蛋白的类型,是受体啊,还是分泌的啊,或者核啊等等之类的吧。箭头3所指的区域你可以点击自由的切换图上蛋白名称的格式,这点根据个人的喜好自己选择吧,红色箭头4所指的区域当然是下载链接啦,可以直接把你想要的图下载下来。


图5就是该数据库的离线安装的版本,目前数据库已经更新到16年9月版了,当然你也可以根据自己的习惯,下载不同版本的的压缩包,把自己需要的下载下来就可以了。不过本人还是对这种直接在线使用的方法更偏爱一点,不光软件安装麻烦,关键还占内存。。。

好啦,介绍了那么多,大家可以在百(yi)无(dui)聊(po)赖(shi)时使用看看,蛋白互作网络有那么多,大家可以通过不同的蛋白网络方式比较下看看能不能挖到自己感兴趣的东西。


网站:https://www.intomics.com/inbio/map/#home


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