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TarBase:有实验数据支持的miRNA靶基因数据库

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TarBase是一个有实验证据支持的miRNA靶基因数据库,目前最新版本为v8, 经历了长达10年左右的收集与整理,网址如下

http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex

该数据库中包含了多个物种的miRNA靶基因信息,各个物种相关信息汇总如下

可以看到,主要还是人和小鼠的靶基因信息,占据了90%以上。

对于每个靶基因,都会给出相关的文献,组织类型,检验的方法等数据,数据库中各项信息的数据量汇总如下

通过如下所示的搜索框,可以检索该数据库


可以同时输出miRNA和gene, 也可以只输入其中一种进行检索。输入的miRNA名称需要符合mirBase数据库中的miRNA名字的格式,对于gene, 支持gene symbol和ensembl gene ID两种格式。

检索结果可以分成以下三级

1. target info

第一级就是miRNA靶基因信息,每一行代表一个miRNA和靶基因的相互作用,示意如下

对于每个靶基因,会给出对应的支持该证据的方法,low代表的是一些传统的实验手段,通量低,high代表高通量测序的分析结果。

2. methods

每行的末尾有一个下拉的箭头,点开之后就是第二级的结果,示意如下

3. binding sites

第二级的下拉列表展开之后,可以看到具体的结合区域信息,示意如下

在页面左侧的也提供了筛选功能,示意如下

该数据库目前只提供了检索功能,如果要下载对应的内容,需要向开发团队进行申请。

TarBase中将实验证据分成了lowhigh两类,low代表的是传统的实验手段,相对高通量测序的分析结果,该结果的可靠性更高一点,我们可以通过筛选low方法支持的miRNA靶基因信息,从而得到一个高质量的miRNA靶基因数据集。

·end·

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