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【上海 6月22日】单细胞测序数据挖掘与课题设计

单细胞测序从15年正式进入科研圈子之后,不断收割CNS主刊及子刊。几乎成为CNS最耀眼的一颗明星。截止目前已累积发表研究论文近2万篇。且随着10X公司的产品面世,单细胞测序技术彻底从费时费力废人工且不稳定的低通量时代,进入稳定的高通量测序时代。数据量,研究方向,临床课题等均呈现逐年爆发的增长趋势,应运而生的各类单细胞数据库也逐渐增多。但是对于普通科研人员来说,我们可能要问这样几个问题。


单细胞测序成本贵吗?

目前而言,拿样本到测序公司去测还是比较昂贵的,一个样要几万块,因此对大部分普通的科研人员来说,单细胞测序是可望而不可及的。


 那是否有办法以较低的门槛进行单细胞测序分析呢?

如果数据库中有现成的单细胞测序数据,并且我们能有效利用数据库中现有的单细胞测序数据来分析,那么就可以零成本跨入单细胞测序的大门了。


目前数据库中有这样的数据吗?

以常见的GEO数据库为例,在GEO中,单细胞测序数据集已超过2.7万例,覆盖肿瘤类非肿瘤类,人小鼠斑马鱼等各种模式生物,这座逐渐成长的宝库就这样静静的等待大家去挖掘。


现在做单细胞数据挖掘的文章吗?

不多,可以说非常少,限于单细胞分析技术的普及度远远不及传统二代测序组学程度,且单细胞数据相对较新,所以这座宝库的光芒还未被大家充分释放。因为少,所以有更多创新空间,我们有理由相信,一定有众多科研从业者正暗暗发力,争做第一批吃螃蟹的人。


去哪里能学到单细胞测序数据挖掘呢?

单细胞数据的挖掘相对来说确实有更大的分析难度,可学习的公开资料较少,懂原理会方法的人少,现成的工具更是少之又少。为了克服这样的痛点,小张聊科研开设了“单细胞转录组数据挖掘”课程,带大家一起去“”抢鲜“”高大上的单细胞测序分析,尝试抢先一步发表单细胞测序数据挖掘文章

 

上完这个课我能学到什么?

1、掌握R语言基本语法

2、了解单细胞测序基本概念

3、了解单细胞测序主要的数据库来源

4、掌握单细胞测序数据的下载方法

5、掌握单细胞测序挖掘常规思路

6、学会用R代码进行单细胞转录组分析并作图

7、熟悉单细胞转录组发文思路

8、熟悉单细胞相关课题设计思路

 

适合人群

广大临床/科研工作者,研究生,零基础也可以参加

 

讲师介绍

沃林老师,生物学博士,来自国内第一批做单细胞测序的课题组,实验室独立开发了成熟的高通量单细胞测序平台。沃林老师从事二代测序相关分析10余年,目前主要方向为组学+医学大数据挖掘,擅长单细胞转录组及多组学数据分析与挖掘。18年接收9篇纯分析挖掘性SCI文章,其中两篇IF超过10分,最低3.7分,累积项目经历50+,擅长临床相关课题设计。

 

课程内容主线

第一天上午:学习R语言基本语法

第一天下午:掌握单细胞转录组并掌握5大单细胞数据库

第二天上午:单细胞转录组分析及可视化讲解与演练(赠送傻瓜式运行代码)

第二天下午:实操一篇文章的思路并讲解零成本单细胞课题设计

 

课程表

 

第一天

上午

1. 生物信息及单细胞转录组简介

2. R语言安装+Rstudio

3. Rstudio压箱底技巧分享

(如何用R边练习边生成笔记报告)

4. R语言基本语法及数据结构

第一天

下午

1. 单细胞转录组是什么以及能解决什么问题

2.  5大核心单细胞数据库介绍及应用(超万例样本)

3. 单细胞数据下载练习

4. 讲解单细胞数据常规挖掘思路

第二天

上午

1. 全套单细胞转录组数据分析流程演练

2. 单细胞数据常见6类分析图

3. 经典的tSNE细胞分群图+边学边练

4. 自动化注释细胞类别代码分享

5. 实操过程答疑

第二天

下午

1. 分享两篇CNS主刊经典的单细胞转录组研究思路

2. 讲解如何零成本设计单细胞相关课题

3. 答疑


注:
1、实际授课过程中,老师可能根据学员学习速度对课程进行微调。 

      2、请学员自带电脑,mac或者windows系统的笔记本(请勿使用XP系统)。

 

时间:2019年6月22-23日(周六、周日)

地点:上海古北湾大酒店(上海市长宁区虹桥路1446号

 

注册费(可开发票):

6月16日前

6月17日至21日

现场缴费

3400

3600

3800

二人组团报名,每人可优惠100元

三人组团报名,每人可优惠200元

四人及以上组团报名,每人可优惠300元

注:本次学习班提供两天的午餐,其余食宿费用自理

 

报名请联系特雷西(微信号:xzlky2015-training),加微信时请注明“姓名+数据挖掘报名咨询”

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