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3CDB:基于3C技术的染色质互作信息数据库

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3CDB是一个染色质空间互作的数据库,根据特定的关键词从pubmed数据库中进行文献检索,查找基于3C技术研究染色质互作的文献,并从中提取染色质互作信息,对应的文章链接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4831724/pdf/baw044.pdf

数据库网址如下

http://3cdb.big.ac.cn/index.jsp

收录了来自17个物种,共3319个染色质片段互作信息。不同物种数据量分布如下

3C实验涉及到的DNA内切酶分布如下

通过首页的Data Browser菜单,可以从以下四个方面浏览该数据库中的内容

  1. Species

  2. Cell line

  3. Enzyme

  4. Gene


以物种为例,界面如下所示

点击物种对应的Locus, 可以查看具体的互作信息列表,结果示意如下

点击第一列的编号,可以查看详细信息,示意如下

给出了对应的细胞系,内切酶,引物,文献等详细信息。该数据库中的信息是可以免费下载的,链接如下

http://3cdb.big.ac.cn/pages/download.jsp

通过该数据库,可以获得高可信度的染色质互作信息。

·end·

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