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Perl 模块安装总结

从 1994 年 10 月 17 日发布的 Perl 5.000 起,Perl 增加了模块的概念,用来提供面向对象编程的能力。这是 Perl 语言发展史上的一个里程碑。此后,广大自由软件爱好者开发了大量功能强大、构思精巧的 Perl 模块,极大地扩展了 Perl 语言的功能。

CPAN,Comprehensive Perl Archive Network(https://www.cpan.org/)是 Perl 模块最大的集散地,包含了现今公布的几乎所有的 perl 模块。CPAN 从 1995 年 10 月 26 日开始创建,截止 2019 年 4 月该网站已经囊括了超过 13,750 位作者编写的 180,202 个 Perl 模块,其镜像分布在全球在 257 台服务器上。

Perl 作为生物信息数据预处理、文本处理和格式转换中的一把瑞士军刀,其强大和重要性不言而喻。今天,我们在这里主要介绍一下各种平台下 perl 模块的安装方法。以安装 Bio::SeqIO 模块为例。

Linux 下安装 Perl 模块

Linux/Unix 下安装 Perl 模块有两种方法:第一种是从 CPAN 上下载您需要的模块,手工编译、安装。第二种方法是使用 CPAN 模块自动完成下载、编译、安装的全过程。


1.1 手动安装

# 从 CPAN(https://metacpan.org/)下载了 BioPerl 模块 1.7.5 版的压缩文件 BioPerl-1.7.5.tar.gz
# 假设放在/usr/local/src/下。
cd /usr/local/src

# 解压缩这个文件,这时会新建一个 BioPerl-1.7.5 的目录。
$ tar xvzf BioPerl-1.7.5.tar.gz

# 换到解压后的目录
cd BioPerl-1.7.5

# 生成 makefile,如果要指定模块的安装路径,需要添加 PREFIX=/path/to/install 路径
$ perl Makefile.PL (PREFIX=/home/shenweiyan/perl_modules)

# 生成模块
$ make

# 测试模块(这步可有可无):
$ make test

# 如果测试结果报告"all test ok",您就可以放心地安装编译好的模块了。
# 安装模块前,先要确保您对 perl5 安装目录有可写权限(通常以 su 命令获得),执行:
$ make install

# 现在,试试 Bio::SeqIO 模块吧。如果下面的命令没有给出任何输出,那就没问题。
$ perl -MBio::SeqIO -e1

# 如果指定 PREFIX 安装路径,模块安装完成后,需要把模块安装的新路径添加到 PERL5LIB 环境变量
export PERL5LIB=$PERL5LIB:/home/shenweiyan/perl_modules/lib/site_perl  //或者把该行内容添加到 ~/.bashrc

上述步骤适合于 Linux/Unix 下绝大多数的 Perl 模块。可能还有少数模块的安装方法略有差别,所以最好先看看安装目录里的 README 或 INSTALL。

有的时候如果是 Build.PL 的需要以下安装步骤:(需要 Module::Build 模块支持)

$ perl Build.PL
$ ./Build
$ ./Build test
$ ./Build install


1.2 自动安装

Linux/Unix 下自动安装 Perl 模块主要有两种方法,一是利用perl -MCPAN -e 'install 模块'安装;二是直接使用cpan的命令执行安装。这两种方法都是通过与 CPAN 进行交互,然后执行对应模块的自动安装,本质上都是一样的。需要先安装 CPAN 模块。

[email protected] 16:07:59 /tmp
$ perl -MCPAN -e shell
Can't locate CPAN.pm in @INC (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5 .).
BEGIN failed--compilation aborted.

[[email protected] ~]# perl -MCPAN -e shell

CPAN.pm requires configuration, but most of it can be done automatically.
If you answer '
no' below, you will enter an interactive dialog for each
configuration option instead.

Would you like to configure as much as possible automatically? [yes] ^C
[[email protected] CPAN-2.26]# perl -MCPAN -e shell
Sorry, we have to rerun the configuration dialog for CPAN.pm due to
some missing parameters. Configuration will be written to
 <</root/.cpan/CPAN/MyConfig.pm>>


CPAN.pm requires configuration, but most of it can be done automatically.
If you answer '
no' below, you will enter an interactive dialog for each
configuration option instead.

# 输入yes会自动配置,输入no会让手动的配置一些参数。这里我选择了yes,配置好后的配置文件存放在 ~/.cpan/CPAN/MyConfig.pm
Would you like to configure as much as possible automatically? [yes]   #直接回车


Autoconfiguration complete.

commit: wrote '
/root/.cpan/CPAN/MyConfig.pm'

You can re-run configuration any time with '
o conf init' in the CPAN shell
Terminal does not support AddHistory.

To fix that, maybe try>  install Term::ReadLine::Perl


cpan shell -- CPAN exploration and modules installation (v2.26)
Enter '
h' for help.

cpan[1]>

除了 cpan 以外,Perl 的模块安装还可以通过 cpanm 命令进行安装,而要获取 cpanm 命令我们需要先安装 Perl 的 App::cpanminus 模块:

[[email protected] data]# cpan
Loading internal logger. Log::Log4perl recommended for better logging
Terminal does not support AddHistory.

To fix that, maybe try>  install Term::ReadLine::Perl


cpan shell -- CPAN exploration and modules installation (v2.26)
Enter 'h' for help.

cpan[14]> install App::cpanminus
Running install for module 'App::cpanminus'
Fetching with HTTP::Tiny:
http://www.cpan.org/authors/id/M/MI/MIYAGAWA/App-cpanminus-1.7044.tar.gz

  CPAN: checksum security checks disabled because Digest::SHA not installed.
  Please consider installing the Digest::SHA module.

Scanning cache /root/.cpan/build for sizes

......

App::cpanminus 模块安装完成后,cpanm 命令就会自动安装到对应 Perl 所在的目录(如果我们用的是 /bin/perl,cpanm 将默认安装到 /usr/local/bin/cpanm)。


1.2.1 使用 CPAN 模块自动安装方法一

  • 安装前需要先联上网,有无 root 权限均可。对于非 root 用户,Perl 提供了 ‘local::lib‘、’sudo‘ or ‘manual‘ 三种使用 CPAN 模块自动安装的方式,初次运行 CPAN 时需要用户自行进行选择设置,默认为  ‘local::lib‘。

  • 执行 perl -MCPAN -e shell 命令,运行 CPAN,进入 cpan 交互模式。

  • 初次运行 CPAN 时需要做一些设置,如果我们的机器是直接与因特网相联,那么一路回车就行了。

  • 常用 cpan 命令:

# 获得帮助
cpan> help

#
 列出 CPAN 上所有模块的列表
cpan>m

#
安装模块,自动完成 Bio::SeqIO 模块从下载到安装的全过程。
cpan> install Bio::SeqIO

#
 查看当前 CPAN 使用的镜像站点
cpan[3]> o conf urllist

#
 查看当前 CPAN 的配置信息
cpan[2]> o conf

#
 退出
cpan> quit


1.2.2 使用CPAN模块自动安装方法二

cpan -i 模块名

例如:cpan -i CGI


1.2.3 修改CPAN mirror的默认源

安装 perl 下的很多模块文件时,比较快捷的方法是使用 cpan 工具。默认 cpan shell 使用的是 cpan.org 的源,在国内使用的话速度会非常的慢。如果更换为国内的如阿里或网易等公司的源的话,速度会明显提高。修改方法如下:

  • 执行 cpan 命令,或者通过perl -MCPAN -e shell命令进入 CPAN 交互模式查看当前源配置

cpan[1]> o conf
$CPAN::Config options from /root/.cpan/CPAN/MyConfig.pm:
    commit             [Commit changes to disk]
    defaults           [Reload defaults from disk]
    help               [Short help about 'o conf' usage]
    init               [Interactive setting of all options]

    applypatch         []
    auto_commit        [0]
    build_cache        [100]
    build_dir          [/root/.cpan/build]
    build_dir_reuse    [0]
    ......
cpan[2]> o conf urllist
    urllist
        0 [http://www.cpan.org/]
Type 'o conf' to view all configuration items
  • 增加源或移出源并提交

cpan[2]> o conf urllist
    urllist
        0 [http://www.cpan.org/]
Type 'o conf' to view all configuration items


cpan[3]> o conf urllist push https:////mirrors.aliyun.com/CPAN/
Please use 'o conf commit' to make the config permanent!


cpan[4]> o conf commit
commit: wrote '/root/.cpan/CPAN/MyConfig.pm'

cpan[5]> o conf urllist
    urllist
        0 [http://www.cpan.org/]
        1 [https://mirrors.aliyun.com/CPAN/]
Type 'o conf' to view all configuration items
  • 移出一个源或者多个源可以使用 pop 函数,如下:

cpan[6]> o conf urllist pop https://mirrors.aliyun.com/CPAN/

cpan[3]> o conf urllist pop http://www.cpan.org/ https://mirrors.aliyun.com/CPAN/
  • 也可以一次增加多个源:

cpan[4]> o conf urllist ftp://mirrors.sohu.com/CPAN/ http://mirrors.163.com/cpan/
  • 或者直接修改~/.cpan/CPAN/MyConfig.pm文件的 urllist

$ grep urllist /home/steven/.cpan/CPAN/MyConfig.pm
  'urllist' => [q[http://www.cpan.org/], q[http://mirrors.aliyun.com/CPAN/]],

$ cpan
Loading internal logger. Log::Log4perl recommended for better logging
Terminal does not support AddHistory.

To fix that, maybe try>  install Term::ReadLine::Perl


cpan shell -- CPAN exploration and modules installation (v2.26)
Enter 'h' for help.

cpan[1]> o conf urllist
    urllist
        0 [http://www.cpan.org/]
        1 [http://mirrors.aliyun.com/CPAN/]
Type 'o conf' to view all configuration items

  • 如果对当前的当前所有的 cpan shell 的配置不满意,也可以通过命令重新初始化该文件,如下:

cpan> o conf init


1.2.4 使用 cpanm 命令安装

参数名直接为模块名称即可。如:

$ sudo cpanm CGI::Session
$ sudo cpanm Template

注: 如果不是 root 权限,cpanm 也一样能用。它会将模块下载安装到用户的根目录(~)下。

为了加快 cpanm 下载速度, 可以指定使用镜像. 并只从镜像下载. 如下:

 $ sudo cpanm --mirror http://mirrors.163.com/cpan --mirror-only CGI::Session



Windows 下 Perl 模块安装

在开始介绍 windows 下 Perl 模块安装前,我们先来了解一些关于 makegmakenmakedmake 等编译工具。

Make 是一种自动化构建工具,用于从源码自动生成可执行程序和库(通常借助于 makefile 来推导出目标程序);Make 有多个版本,如 Unix/Linux下 的 GNU Make(之所以有 gmake,是因为在别的平台上 make 一般被占用,GNU make 只好叫 gmake 了)、Windows 下的 Microsoft nmake 等。关于 Make 的详细介绍,具体可参考:Wikipedia: Make (Software)

dmake 则是一个适用于 Linux、Solaris、Win32 以及其他平台的跨平台的命令行编译工具,除此之外,跨平台编译工具中还有一个大名鼎鼎的 cmake。dmake 工具:https://metacpan.org/release/dmake,具体安装方法请自行谷歌(dmake 貌似是 cpan 环境配置好就有了在 “C:Perlsitebin” 下)。

nmake 是 Microsoft Visual Studio 中的附带命令,需要安装 VS;安装 VS 后,nmake.exe 出现在C:Program Files (x86)Microsoft Visual Studio 9VCbin 目录下(bin 文件夹的位置根据每个人系统不同,找到自己的安装位置,bin 文件夹中包含 nmake 即可)。如果 VS 安装过程中,没有注册 VS 的环境变量,因此直接在 cmd 的 DOC 中输入 nmake 就会出现:”‘nmake’ 不是内部或者外部命令,也不是可运行的程序或批处理文件” 报错。 

使用 nmake 的方法有两种:

  1. 打开 VS 自带的命令行 “Visual Studio 2008 Command Prompt“,然后在该命令行中使用 nmake;

  2. 将路径 “C:Program Files (x86)Microsoft Visual Studio 9VCbin” 设置到环境变量中去,然后在 DOS 命令行中使用 nmake。

2.1 解压编译手动安装

windows 下手动 Perl 模块方法跟 Linux类似。都需要解压后执行:

perl makefile.pl 
nmake/dmake 
nmake/dmake test
nmake/dmake install


2.2 cpan 自动安装

安装前需要对 cpan 配置,cpan 需要安装其他的模块 dmake 和 MinGw gcc compiler。完成后,进入 cpan 交互界面安装(参考上面的 linux cpan 自动安装)。如果我们安装的是 ActivePerl,在初始化 cpan 的时候就会自动把 dmakemingw32-make 等编译工具也一起安装在 “$Dprefix/site/bin” 目录下。


2.3 PPM 自动安装

如果使用 ActivePerl,可以使用 PPM(Perl Package Manager) 来安装,使用 PPM GUI 或 PPM Commandline。PPM commandline 实例如下:

1) add correct repositories.

c:perlbinppm repo add http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms/package.lst
c:perlbinppm repo add http://www.roth.net/perl/packages/

通过设置不同的 repositories 可以加速部分 Perl 模块的下载,我们也可以通过 ppm 命令查看可用的 repositories list:

# Use the command ppm repo list to list all installed PPM repositories in ActivePerl 5.10 through 5.14.
PS C:> ppm repo list
┌────┬───────┬────────────────────────────────┐
│ id │ pkgs  │ name                           │
├────┼───────┼────────────────────────────────┤
│  1 │ 13334 │ ActiveState Package Repository │
│  2 │   294 │ Theoryx                        │
└────┴───────┴────────────────────────────────┘
 (2 enabled repositories)
PS C:>

# The command ppm repo desc #, where "#" is the number of the repository (in the order it was added), will display information about that repository:
PS C:> ppm repo desc 2
Id: 2
Name: Theoryx
URL: http://cpan.uwinnipeg.ca/PPMPackages/14xx/
Enabled: yes
Last-Status: 200 OK
Last-Access: 9 seconds ago
Refresh-In: 1 day

2) install the packages

c:perlbinppm install Carp-Assert

c:perlbinppm install Log-Log4perl

c:perlbinppm install YAML-Syck

更多关于 ActivePerl 的文档与资料,可以参考:http://docs.activestate.com/


——The  End——


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