生信分析、meta分析、数据挖掘
TCGA、GEO、SEER、Oncomine

万事开头难

 前面我在技能树分享了一个GSEA重复:

基因集富集分析(GSEA)中的排序指标:它们重要吗?

费九牛二虎之力也无法重现的GSEA图

以下是中文

    前几天看了生信技能树老师的推文,关于曹雪涛老师课题组在Nature Medcine杂志上发表的题为“Tumor-educated B cells selectively promote breast cancer lymph node metastasis by HSPA4- targeting lgG”的最新研究成果,由于之前看过这篇新鲜出炉的文章,不久前还听过曹老师的学术报告,所以对这篇推文的关注度很高,再加上推文里有老师重复文献时整理的一整套R代码,如果至宝,于是就操刀实干起来。

万万没想到,第一行代码就报错了,果真是万事开头难!!!

具体的报错如下:

提示我第19行没有3个元素,不服气的我在GEO官网上手动下载文件,打开发现文件正常,不存在第19行没有3个元素的问题。于是我上网搜索了很久,发现大家都是在read.table 或者类似的读取函数中出现了类似的报错,而且提出的解决办法对我没有帮助,我只好向撰写推文的老师发了求助邮件,没想到老师很快就回复了我,老师建议我找一个网络速度快的地方运行代码,或者翻墙下载。我照做了,可是还是报错,我又和老师沟通,老师给我发来了他运行程序的最原始R代码文件,可是结果还是不可以。在老师的再一次建议下,我换了一台电脑运行,令人心碎的是,还是报错。再换别的电脑结果肯定还是如此,于是我及时止损。最后我尝试在实验室的服务器上运行代码,结果跑通了。于是我在想,在普通R上是仅仅下载这个GEO数据跑不通,还是都不行?于是我又尝试了别的GEO文件,结果一样的语句,只是文件编号不同,程序跑通了。可是对于这个GSE113249为什么在服务器上能跑通,在普通的R上就不行呢?难道是这个文件本身某处藏着玄机,使得它更适合在服务器上运行?

万事开头难,但是办法总会有的,看看程序通顺了之后制作出来的热图,如十里春风,暖人心房。

后记

小作者其实并没有彻底解决问题,亲爱的读者们,你能帮帮她吗?

扩展阅读

GSEA分析一文就够(单机版+R语言版)

GSEA的统计学原理试讲




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……未完待续……


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